こちらでいろいろ試してみましたが、encode error at encode threadは発生しませんでした。
こちらの環境は、以下のようになっています。
OS Windows 10 x64 (15063) CPU Info Intel Core i7-7700K @ 4.20GHz [TB: 4.60GHz] (4C/8T) <Kabylake> GPU Info Intel HD Graphics 630 (24EU) 350-1150MHz [91W] (21.20.16.4678) Media SDK QuickSyncVideo (hardware encoder) PG, 1st GPU, API v1.23 Buffer Memory d3d9, 1 input buffer, 20 work buffer
encode error at encode threadは結構たちが悪く、それだけでは原因がはっきりとはわからないエラーなので再現しないと対処が難しそうです。使用するオプションにもよるかもしれませんので、使用しているオプションとエラーが発生した際のログをいただけないでしょうか?